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때는 서력 2059년. 오래전 거대한 외계인들과의 전쟁으로 인해 멸망의 위기에 몰렸던 지구의 인류는 종의 존속을 목적으로 하여 새로운 보금자리를 찾아 은하 이곳저곳으로 이주를 시작했다. 그 25번째에 해당하는 초 장거리 이민선단 '마크로스 프론티어'. 1000만명 이상이 살고 있다. 지구와 무엇 하나 다를 바 없는 환경으로 만들어져 1000만명 이상이 거주하고 있는 이민선단 프론티어는 은하의 중심 부근을 향해 여행을 계속하고 있었다.
그런 프론티어 선단에 가까운 '마크로스 갤럭시' 선단 출신의 인기 절정의 아이돌 가수 셰릴 놈이 콘서트를 위해 방문한다. 셰릴을 동경하며 가수가 되기를 꿈꾸는 소녀 란카 리는 셰릴의 공연에 가던 도중 우연히 파일럿 양성 코스에 다니고 있는 소년 사오토메 알토를 만나게 되고, 이는 곧 세 사람의 운명적인 조우로 이어진다. 그리고 프론티어 선단은 정체를 알 수 없는 미지의 적의 습격을 받게 되는데...
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